Nakon zone iverka dolazimo u posebne spiljske sustave s endemskim vrstama. Među 150 vrsta riba koliko ih ima u hrvatskim rijekama i jezerima, čak 50 je endema. Takvo bogatstvo posljedica je zemljopisnog položaja koji obuhvaća rijeke crnomorskog i jadranskog slijeva. Mnogi endemi vezani su za krška podzemna staništa, što ih čini izuzetno osjetljivima te su podložni izumiranju. Stoga je većina njih zaštićena zakonskim propisima na europskoj i nacionalnoj razini, a njihov opstanak ovisi izravno o djelovanju čovjeka ili, drugim riječima, o aktivnoj zaštiti i očuvanju površinskih i podzemnih voda.
Čak četrdesetak endema prisutno je u jadranskom slijevu, što je posljedica specifičnih ekoloških i stanišnih uvjeta. Većina među njima su stenoendemi koji obitavaju samo na manjem i vrlo ograničenom području.
Tako primjerice u hrvatskim krškim rijekama poput Jadove nalazimo jadovskog vijuna, u Zrmanji zrmanjskog klena, a u Neretvi neretvansku glavaticu. Glavatica je vrlo interesantna vrsta iz porodice pastrva, izgledom slična mladici, ali mramoraste boje i bez crnih mrlja na tijelu. Iznimno je rijetka i ugrožena migratorna vrsta. Može narasti do 140 centimetara i 30 kilograma.
Desetak endema nalazimo u vodotocima crnomorskog slijeva. Među njima su i neke vrste koje se ubrajaju u najugroženije vrste na svijetu, poput svijetlice i kapelske svijetlice. Zanimljivo, svijetlica i kapelska svijetlica smatrane su istom vrstom, ali su jasne morfološke razlike potvrđene molekularnim analizama koje su pokazale da se radi o dvije zasebne vrste.